当舒尔哈齐等人行至半途的时候，他就满腹狐疑的对同行的将领说看到帅旗上有一层淡淡的幽光，想要退兵。不过在褚英、代善的反对下，只能作罢。
到达蜚悠城后，该部落酋长策穆特黑带领的五百户人丁早以做好了出发的准备，于是很快这支队伍就踏上了返回的道路。
乌拉贝勒布占泰得知消息后，立即带领一万骑兵赶来拦击，双方军队摆出了交战的阵势。
但这时，舒尔哈齐却带着自己属下的五百人退到了一边，他不想破坏与姻亲的友好关系。只有褚英、代善率军英勇奋战，舒尔哈齐只在一边观看，他的部下常书、纳齐布也没有加入战斗。
正是由于舒尔哈齐的消极退避，最后褚英、代善虽然打败乌拉骑兵，但是没能给以致命打击。
舒尔哈齐班师回朝之后，努尔哈赤准备将他的下属常书、纳齐布以临阵脱逃的罪名处死，以剪除他的左膀右臂同时也是杀鸡儆猴。
但是舒尔哈齐的反应十分强烈，说杀他们就是等于杀我，誓不低头，大有决以死战的阵势。最后努尔哈赤为了避免公开的冲突，便做出了让步。他只罚了常书一百两黄金，夺了纳齐布下属的人马，并且从此以后剥夺了舒尔哈齐指挥军队的权利，将他排挤出了最高军事领导层。
万历三十五年（1607年），舒尔哈齐的地位一落千丈，变成了一个有名无实的人物，他痛感自己与努尔哈赤势难并存。
于是，他与长子阿尔通阿，三子扎萨克图商议，图谋另立门户，与兄长分庭抗礼。舒尔哈齐带着几个儿子和少数部下来到了铁岭东南的黑扯木，在那里伐木建造房屋，开辟新的根据地。而黑扯木临近明朝的军事重镇铁岭，可以直接依靠明朝的军事保护，在他的东面又与乌拉部落接邻，能随时得到盟友的援助。
舒尔哈齐开始与努尔哈赤越来越疏远，转而靠近明朝了。李成梁看到这一分化女真的大好机会，于是火上浇油，故意挑起矛盾冲突。他上奏朝廷册封舒尔哈齐为建州右卫首领，这是明朝在辽东地区设立的最高地方军事长官。
努尔哈赤首先是责令舒尔哈齐放弃自立为王的念头，在劝说无效的情况下，努尔哈赤断然采取了强硬措施，于万历三十七年（1609年）三月，舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿、扎萨克图被努尔哈赤诛杀，部将武尔坤也被处死。
努尔哈赤余怒未消，仍打算将他的次子阿敏处死，只是在皇太极等人的极力求情下，阿敏才逃过一劫，免于一死，不过他的一半家产被没收。
面对兄长咄咄逼人的姿态，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东的明军，也处在岌岌可危的境地，根本不是努尔哈赤的对手。在万念俱灰的绝望处境下，舒尔哈齐回到了兄长的帐下。但是这次的努尔哈赤对他不再讲兄弟情谊了，舒尔哈齐被囚禁在一间暗室之中，用铁锁锁住，仅有两个孔穴给他送食物。
万历三十九年（1611年）八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。有一说他是被兄长努尔哈赤秘密杀害的。
正因为皇太极曾经救过阿敏的性命，阿敏这个时候才会冒着触怒大汗的风险为皇太极说话，将大汗认为的失败，纠正为只是打平手！
努尔哈赤看了看众人，并没有说阿敏对，也没有说阿敏错：“你们也都说说话！大家一起看看接下来要怎么办！？是趁着天地会在辽南立足未稳，接着打他们！还是等一等，等到开春，我们的粮食压力稍微缓和一些，再打天地会？不过，再等一阵的话，辽南在辽阳城到险山堡的漫长长城修筑，再过两个月想攻打天地会，可能更加困难！”
“父汗，我大金国近来连番与蒙古人，辽东明军，毛文龙军作战，部族饱受赋税繁重之苦，无法支持多面应敌。我认为我们应该先稳固建设本地，占据一片土地，治理一片土地，并不该急于攻城略地。要战，则得保证必胜！像这段时间辽南的对拼，是汉人希望的，喜欢看到的局面，而不是我们八旗精锐所希望遇到的战局！我们不应在冬季，在城防攻坚战中与汉人对拼！只有用少量的兵力，让汉人自己打自己人，我们才能应付人口众多的汉人。”说话的是阿巴泰。
阿巴泰的母亲伊尔根觉罗氏，万历十四年（1586年）与努尔哈赤成亲，是他的第七房妻子。伊尔根觉罗氏出身一般，生前没有受过努尔哈赤的宠幸，死后也没获过任何哀荣。她连生卒年月都没有留下，在清朝史书中甚至没有只言片语的记载。
阿巴泰母亲地位较低，直接影响到他日后在诸兄弟中的排位。不过，因为在年龄上的优势，阿巴泰比诸弟较早参与征战，较早建功立业，所以努尔哈赤对他还是比较器重的。
万历三十九年（1611年），年仅23岁的阿巴泰第一次奉父命率军远征。当时，北方宁古塔地方（今黑龙江省宁安县一带）的首领僧格、尼喀礼到努尔哈赤居住的赫图阿拉城进贡，努尔哈赤赠给他们铠甲40副。从赫图阿拉至宁古塔，路途遥远，僧格、尼喀礼携铠甲行至绥芬路（今黑龙江绥芬河流域），被乌尔固宸（在今俄罗斯境内比金河一带）和穆棱（今黑龙江省穆棱河流域）二地的部落抢走。努尔哈赤几次派人追索未成，便派遣阿巴泰和大将费英东、安费扬古率兵一千攻取乌尔固宸和穆棱二地。这是阿巴泰参加的第一次远征。这次远征，对青年阿巴泰来说，无疑是一次难得的历练。从此，开始了他30余年的戎马生涯。
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